Pražan rodem (narodil se 15. října 1876), srostl Jindřich Čapek s Prahou a jejím výtvarným bohatstvím navždy. Ačkoliv v sobě cítil sklon k technickému studiu, po vzoru otce nastoupil uměleckou dráhu jako sochař. Vstoupil na umělecko-průmyslovou školu a později na akademii umění k Myslbekovi. Zde si všímal především oborů dekorativního a architektonického a nezapomínal ani na obor užité chemie, jakožto na přípravu pro konzervaci stavebních hmot, v níž pak tolik vynikl a získal si opravdové proslulosti.
V roce 1902 se Čapek šťastně oženil s vnučkou Bedřicha Smetany.
Když začala první světová válka, musel ihned nastoupit jako záložní důstojník k praporu domobrany kamsi do Bukoviny na ruské hranice. Po nervovém otřesu v listopadu 1914 byl převezen do nemocnice ve Vídni a poté do sanatoria ve Veleslavíně. Byl zproštěn vojny. To mu umožnilo se zapojit do odbojové činnosti Maffie. Byl opravdový, rozvážný a statečný, klidný i tam, kde jiní bývali znepokojeni. To ho činilo obzvláště schopným pro činy osobně krajně nebezpečné, jež mu byly v Mafii svěřovány. Ke konci války byl pak pověřen, aby organizoval domácí vojenské síly. Jako odborník konzervátor si získal přístup do Pražského hradu. V říjnu 1918 provedl jménem Národního výboru zábor pražského Hradu a připravoval jej s arch. Hilbertem pro příštího prezidenta republiky a některá ministerstva. Se svým příbuzným založil podnikatelskou firmu a rozvinul konzervátorskou činnost.
Zemřel po dlouhé těžké nemoci 21. července 1927.
Jindřich Čapek byl jedním ze zakladatelů Lóže Národ. Zednářství poskytoval své umělecké schopnosti a pokud byl zdráv i všechen svůj volný čas. Podílel se na výzdobě dílny, pořídil lóžový odznak Národa.
